Останки погибших в Доме Советов вывозили еще несколько дней после 4 октября. Сотрудница аппарата Комитета по экологии Верховного Совета Евгения Петухова, обеспокоенная тем, что в Белом доме сгорит весь архив, добилась спецразрешения на прохождение в здание. Она вошла туда на третий день после штурма. Случайно, по словам Петуховой, охранник показал мешки, приготовленные к погрузке. Мешки стояли в вестибюле. Машины уже отвезли часть. Сверху в мешках были бумаги, а «глубже лежали органы человеческих тел».

Не исключено, что часть тел вынесли через выход, ведущий из подвала двухэтажного здания, что рядом с Белым домом, в туннель метрополитена между станциями «Киевская» и «Краснопресненская», а потом погрузили в товарные вагоны и вывези за город. Об этом, например, писал в «НГ» офицер внутренних войск.

Погибших могли вывозить не только на грузовиках и в товарных вагонах. По свидетельству отставного майора МВД П. Артеменко, три ночи — с пятого на шестое, с шестого на седьмое, с седьмого на восьмое октября — его дочь наблюдала в театральный бинокль за судами с широким остовом, стоявшими на Москве реке. В эти баржи и в теплоход из здания Дома Советов военные что то переносили в мешках и на широких полотнищах. Заслуживает внимание и информация С.Н. Бабурина: «…Я встретился с моим бывшим коллегой, и он мне сказал: «А ведь была ситуация, когда мы оказались по разные стороны баррикад». Я спрашиваю: «В каком смысле?» Отвечает: «В 93 году, служа во внутренних войсках, я участвовал в штурме Верховного Совета». И, помолчав, добавил, что после штурма ему было поручено контролировать загрузку барж телами погибших. Только во время его дежурства была загружена одна баржа. Другую готовились загружать. У меня нет оснований сомневаться в рассказе этого человека». Об отправке части трупов на баржах по Москве реке рассказала в середине октября 1993 г. газета «Ступени» (Москва). Через некоторое время газета закрылась. Но даже после того, как из Белого дома вывезли, казалось, все трупы, некоторое время спустя в здании находили еще тела погибших: 19 октября — в шахте одного из лифтов, неделей раньше — в коллекторе кондиционирования. Проблема уничтожения и сокрытия тел погибших властью была решена. После 4 октября состоялось совещание директоров похоронных учреждений, где от них потребовали жесткого подчинения приказам «сверху». В администрации Хованского кладбища в первые дни после трагедии корреспонденту ИТАР ТАСС сообщили, что все неопознанные жертвы будут скорее всего кремированы.

Правозащитник Е.В. Юрченко в ходе расспросов работников трех крематориев Москвы и области установил, что в них сжигались трупы из Белого дома. В частности, опрашивая служащих крематориев Николо Архангельского и Хованского кладбищ, он выяснил, что там три ночи подряд,начиная с ночи пятого на шестое октября, сжигались «трупы в мешках». Нижняя оценка по двум крематориям, учитывая их мощность и внеплановый характер работы, составляла около 200 кремаций, высшая — около 500. Е.В. Юрченко пришлось прекратить расспросы, когда ему начали угрожать люди в штатском: «Вас мы не тронем, но ведь у вас дочка подрастает…»

Независимое расследование провели и журналисты «НЕГ». Вот что им рассказали двое работников Хованского кладбища еще на первой неделе после расстрела Дома Советов: «Нашему директору сказали: «Надо произвести триста захоронений». На триста не согласился, да и не успели бы мы. Обгоревшие останки трупов привозили в целлофановых пакетах, крематорий работал три дня и три ночи. Братская могила? Да вон там она, в том углу нового участка. Сколько там захоронили, не знаем, все неопознанные». Спустя почти три недели земля на показанном участке заметно осела и была залита водой. На другом кладбище, расположенном в ближнем Подмосковье, подвыпивший бригадир могильщиков заявил корреспонденту газеты: «Да а, привозили тут сначала 60 человек, потом вроде еще… Некоторые до сих пор в морге крематория валяются».

Не исключено, что в качестве крематория использовали топки одной из ТЭЦ. Об этом, в частности, сообщала газета «Ступени». Некоторые останки расстрелянных защитников парламента захоронены на военном полигоне в Подмосковье (в Климовске).